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何桂清由于在江苏学政任内，喜欢谈兵，屡次上奏，论列军务，为文宗所欣赏，因此，在咸丰四年四月，调补仓场侍郎，到秋天灌米海运毕事，继黄宗汉而为浙江巡抚。此中当然有“巧妙”，大致内有他的同年军机大臣彭蕴章的援引，外有也是他的同年的黄宗汉的支持，但穿针引线王有龄功不可没，当然也有朱大器的谋划在内。
何桂清抚浙，王有龄自然更得意，咸丰五年调补首府杭州府知府，不久又兼署督粮道。同一年，赏戴花翎，并奉旨交军机处记名，遇有道员缺出，请旨简放，这称为“内记名”，越过吏部这一关，是补缺最优先的“班次”。
咸丰六年，王有龄又奉委兼署盐运使，护理按察使，集粮政、盐务、司法于一身，为浙江第一能员，也是浙江第一红员。因此遭人之忌，有个通判叫徐徵，告了一状，告何桂清奖荐不公，奉旨明白回奏。何桂清“年少气盛”，覆奏的语气，不免亢激，因而下诏责，何桂清便只好称病辞官，已经打点行李回乡了，而忽有意外的转变，奉旨以二品顶戴署理两江总督。
据说转变的经过是如此，两江总督怡良，因病免职，文宗召见军机，商量继任人选，他说：“两江总督一缺，以筹饷为命。派谁去好？”
“以何桂清为宜。”彭蕴章毫不迟疑地答奏：“何桂清在浙抚任内，筹给防守徽州兵勇数万人的饷，应付裕如。”
徽州原属两江该管，与浙江无干，但地势上却是密切相连的，因此徽州的防务划归浙江。这是加重了浙江的负担，而何桂清毅然挑起这副担子——文宗最恨封疆大吏，自划界限，不但各人自扫门前雪，如秦人之视越，甚至将雪扫到他人门前，推出了事，所以此时想到何桂清的好处，也是毫不犹疑地接纳了彭蕴章的建议。
这一来，王有龄的行踪也改变了。当何桂清辞官之前，先替王有龄作了安排，利用“内记名”的方便，外放为云南粮储道——何桂清回云南，王有龄改官云南，依然可以朝夕过从。
这虽是出于感情深厚的安排，却到底是不得已之举，既然何桂清有此意外的恩典，王有龄当然要留在江南做官。于是拜托新任浙江巡抚曾国藩的同年晏瑞书出面上摺说，浙江办理防剿，与安徽接壤的宁国府正在吃紧之际，请求派王有龄帮办浙江军务，等到各路军情稍松，再行驰赴新任。这有个名堂，叫做“奏留”，凡遇到军务、河工等等有关国计民生的大事件，都可以“奏留”得力人员，通常也都可以邀准的。
王有龄留在浙江，是为了改官两江的第一步，第二步是在宁国府克复后，由何桂清与江苏巡抚赵德辙会衔出奏，说王有龄在浙江筹饷如何精敏，现在江苏的税捐，非他来清查整顿不可。这也有个名堂，叫做“奏调”，向例封疆大吏除了翰林以外，外官道员以下，京官司员以下，都可以奏调。而且文宗派何桂清继任江督，本就是为了筹饷，所以奏调王有龄的摺子，自是“准如所请”。
王有龄到了两江，先在上海整顿海关，关务把持在书办手里，黑幕重重，经过王有龄的清查整顿，公库增收了两百多万银子。由于这一劳绩，何桂清保他升官江苏按察使，不久又署理布政使，就是藩司，掌管一省的财政与人事。
江苏的地方官最多，两江总督驻江宁，江苏巡抚驻苏州，藩司亦有两员，称为江宁布政使与江苏布政使，前者管江宁、淮安、扬州、徐州四府，及通州、海州两直隶州，后者管东南膏腴之地的苏、松、常、镇、太五府州。照系统上说，江苏藩司的直属长官是江苏巡抚，两江总督隔了一层，是管不到的，而此时的情形不同。
其时因为江宁失守，两江总督驻常州，常州既为江苏藩司所管，所以王有龄便事事请命于何桂清，赵德辙根本不在他眼中，每次“上院”，仰面朝天，滔滔不绝地讲他办了些什么事，办得对不对，巡抚是不是同意？他都不问。赵德辙受不了这股气，又拿他没奈何，只好告病辞官。
接赵德辙遗缺的是徐有壬，由湖南藩司升任，未到江苏以前，就听说王有龄跋扈专横，决心要杀杀他的威风。
第一天到任，会过学政，便是接见藩司，王有龄习性不改，上院带两个极漂亮的小跟班，每人手里一支云白铜的水烟袋，站在他左右，轮流替他装烟。
“慢慢！”徐有壬挥手阻止小跟班送烟，“老兄官做到藩司，还不晓得官场的通例吗？”
王有龄愕然，只好请问：“请大人指点。”
“向例：藩司谒见巡抚，只许吸旱烟，不许吸水烟。老兄虽然才略无双，不过做此官，行此礼，定例不可违背。”接着用很威严的声音对那两个小跟班说；“你们下去！”
王有龄的气焰一挫，对徐有壬的礼貌不同了，但办到公事，因为有何桂清撑腰，擅专如故。
其时金陵被围，已经一年有余，存粮将绝，人心惶惶，而太平天国内部，大闹夺权的内讧，杨秀清与韦昌辉的冲突以后，石达开独树一帜，远走西南，太平天国只能托命于两个人，一个是陈玉成，一个是被公认为太平天国第一人物的李秀成。
为了号召“勤王”，洪秀全接受李秀成的建议，封陈玉成为“英王”，赐“八方金印，便宜行事”。但陈玉成作战慓悍绝伦，而威信不孚，所以太平天国各路将帅，不遵他的调遣。
同时，由于清军利用降将，想通款曲于李秀成，因而反促成李秀成的被重用，洪秀全“进封秀成忠王、都督中外诸军，录尚书事，赐尚方剑，八方金印，便宜行事，自主将以下，先斩后奏”。时为咸丰八年十二月，正是徐有壬刚到任的时候。
咸丰九年二月，李秀成大会诸将于安徽枞阳，此会有一极重要的战略宣布，李秀成说：“官军精锐，聚集金陵，而饷源在苏州与杭州。如今金陵城外的长壕，已经构筑完成，‘江南大营’的张国梁又是有名的勇将，所以要解金陵之围，不论内外如何硬攻，都难得手。我现在决定，以轻兵间道，奇袭杭州，杭州告急，苏州亦必震动，官军怕我们绝他的饷源、粮道，一定分兵相救，然后我们诸路合围，直捣江南大营，大营一破，不但金陵围解，苏杭亦皆为我所有。”
战略虽已决定，却一时难以实现，因为金陵外围，官军云集，每一路都逼得很紧，使得李秀成无法脱身。
一直到了咸丰十年李秀成方能出金陵，三天以后，张国梁率领水陆诸军，攻克浦口九洑洲，约期攻上关、下关，以为金陵指日可破。而何桂清则以九洑洲之战，筹饷有功，加官衔“太子少保”，与胡林翼齐名，并称长江上下游、胡何两宫保——此为何桂清一生事业顶点，过此就走了下坡，而且一落千丈，垮得极快。
当官军将帅士兵，无不得意洋洋，踌躇满志的当儿，李秀成亲领精骑一千余人，由皖南鸠江越清弋江，出宁国后路，解围以后，疾趋广德，扑入浙江泗安——泗安守兵十五营大溃，总兵李定泰逃之夭夭。于是李秀成分兵两路，一路由他族中弟兄李世贤率领，攻击湖州；一路由他亲自指挥，自安吉、武康进犯杭州。
这一支奇兵，震动了两江，也震动了朝廷。朝旨命接替向荣的钦差大臣，也就是负江南大营全责的和春，兼督浙江军务，分兵赴援。
江南大营的战将分两个系统，向荣的旧部，多为他的同乡四川人；同样地，张国梁的部下，多为他的同乡广东人。当时大家希望张国梁能亲自出马，赴援浙江，但围攻金陵，正当功在垂成之际，不仅阵前易将，为兵家大忌，而张国梁亦不愿将可到手的功劳，拱手让人，因而只有派蜀将援浙，此人叫张玉良，重庆人，其时的官职是肃州镇总兵，受命统率援浙诸军。
由张玉良担任浙江方面的主将，是何桂清与和春会商后所作的决定，同时何桂清又在奏报援浙经过，顺手放了浙江巡抚罗遵殿一枝冷箭，说他“主守不主战，守近不守远”。所谓“守近不守远”，是指罗遵殿将守湖州一路的重兵，移防省城，湖州亏得有赵景贤的团练，不然危乎殆哉！当然“守近不守远”确是措置乖方的事实，但何桂清放那枝冷箭，却是别有用心，目的在为王有龄开路。
张玉良援浙，路过苏州，王有龄留他住了两天，为他讲解杭州附近的形势，而就在这“面授机宜”之际，李秀成的军队，已经直薄杭州，罗遵殿和驻防将军瑞昌、副都统来存，昼夜防守，相持了１０天，李秀成在清波门掘了一条地道，用火药轰开二十余丈，蜂涌而进。瑞昌退保子城——或称满城，在湖边上，是驻防旗人的营区，苦苦守了６天，张玉良的八千援军到了。
李秀成的目的，就是要引诱江南大营分兵援浙，好减轻金陵被围的压力，一看张玉良的兵到，立即展开撤退的计划，先设疑兵，在城上遍插簇新的旗帜，表示他亦有援军新到。张玉良见此情形，未免胆怯，将八千援军，安顿在距杭州４０里的塘楼，同时派人混入杭州，与瑞昌取得联络，预备内外夹击。
可惜，他们的行动慢了一步，李秀成使了一条奇计，找了许多瞎子来当更夫，一面偃旗息鼓，全师而退，走天目山，经孝丰，一日一夜行军３００里，回到广德。
瞎子茫然，五更三点，照打不误。李秀成走了３天，瑞昌才发现杭州是座空城，于是张玉良率亲兵６００人，直捣空城，一路往广德追了去，李秀成早已算到，将从杭州藩库、盐库、关库中得来的数十万两银子，沿路散布，张玉良的兵捡银子要紧，顾不得追敌，李秀成得以安然脱身。
杭州城破之日，罗遵殿仰药殉节，等到“克复”，则是瑞昌和张玉良的“奇功”，御赐黄马褂，封骑都尉的世职，张玉良还升了官，擢为广西提督。此外何桂清又上奏，说张玉良援浙、受王有龄的密计，所以收功如是之速。于是王有龄顺理成章地升任了浙江巡抚，而罗遵殿则有人弹劾他不能御贼，以致追夺恤典。
这时的李秀成，已聚集５０万人，会议解金陵之围，当时的部署是如此：杨辅清进溧水、雨花台；李世贤进溧阳、攻句容；刘官芳进秣陵关、逼七甕桥；黄文金进高桥门。
首先收功的李世贤，攻占句容，疾趋淳化，张国梁大败，退入大营。其时何桂清与和春已发觉中计，飞调张玉良回师，却已来不及了。
当时对洪杨的征剿，责任区分，大致如此：金陵城外由钦差大臣主持、成立江南大营；后路苏、常一带，则由两江总督与江苏巡抚防守。在军事指挥系统上，有时不免紊乱，江南大营之毁于一旦及苏、常之失手，此为主因。
江南大营由向荣所创立，他是四川大宁人，寄籍甘肃，由行伍出身，为道光朝名将杨遇春所识拔，当洪杨起事，他正当湖南提督，在宿将中名望最高，所以文宗特地调他为广西提督，与满洲名将乌兰泰，为钦差大臣赛尚阿的左右手，以后赛尚阿失机获罪，洪杨大举东下，向荣受命钦差大臣，沿江穷追直到金陵，屯兵孝陵卫，继而进屯紫金山，所率一万七千余人，结营十八座，这就是江南大营的创始。
向荣手下的第一大将就是张国梁。他是广东高要人，本名嘉祥，号殿臣，“大天二”出身，但不妄杀，是“盗亦有道”之流。以后为广东臬司劳崇光所招降，改名国梁，剿匪得力，积功升到守备，咸丰元年，改隶向荣部下，一路打到南京，勇猛绝伦，深为向荣所赏识。
咸丰六年七月，向荣病殁军中，由和春继任钦差大臣，督办江南军务，以张国梁帮办军务，升官湖南提督，所以称为“副帅”。文宗颇有知人之明，曾有好几次优诏，奖许张国梁忠勇，有一次，张国梁因作战炮伤中指，文宗特颁御用伤药，并且亲笔硃谕：“勇猛中宜加慎重”。尚方珍玩，不断赏赐以外，又命图形进览，所以张国梁感恩图报，奋不顾身。当向荣病殁后，金坛被围，而和春还未接任，就由于张国梁的招集流亡，激以忠义，解金坛之围，进克句容，使得江南大营的声势，复又大振。
可惜，文宗虽能赏识张国梁，而其时用兵命将，还不脱成见，以为膺专阃之寄者，非旗人不可，所以用了和春，如果当时以张国梁接替向荣，则局面又自不同。和春比赛尚阿、琦善虽要高明些，却仍不脱旗人蔑视汉人的积习，以及好逸恶劳，喜欢奉承等等“旗下大爷”的习气，因而江南大营的士气，大不如前。
士气之坏，坏在和春所用的一个翼长王浚，翼长有二，顾名思义，可知如鸟之双翼，为钦差大臣的左右手。王浚以受和春的宠信，把持军政，克扣粮饷，因而部下无不怀恨，除了张国梁直属的部队以外，其他各军，纪律废驰，普遍传播着这样一个说法：敌人如果来攻，我们坚守不出，看大帅跟翼长如何退敌？
军心如此，偏偏又有一道打击士气的命令发布：４５天发一个月饷。也就是说：一个半月当一个月。本来江南大营的饷，由两江总督专责筹措，每个月约须５０万两银子，由江苏的苏州、松江、常州、太仓以及浙江的杭州、嘉兴、湖州、宁波、绍兴等等地方筹措，按期供应，毫不缺乏。
这稳定的收支情况，渐有无法保持之势，因为在金陵城外筑长壕，添募兵夫，粮饷增加，又因为援各处，开拔要一笔“开费”，亦是很重的负担。支出如此，收入却以浙江防务吃紧，自顾不暇，“协饷”不能如数解足，“粮台”每月亏短二三十万两银子，所以何桂清与王有龄仔细商量，不得已采取减饷的办法。
其时顿兵日久，纪律松驰，营盘里游娼出入，酒色皆备，照数发饷，尚感不足，何况减饷？而和春又听信了王浚的话，以“不破城、不发饷”为激励之计，这一下越发动摇军心。张国梁一看情势不稳，有哗变之虞，痛哭流涕地要求和春发饷，而和春一口拒绝，说是后路粮台的饷银未到。其实，王浚手里存着３０万的公款。
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李秀成在广德建平所定的作战计划是：分五路回救“天京”，他自己担当左翼，在李世贤于闰三月初三，攻占句容时，他亦从句容以南的赤山湖，赶来会师。其时张玉良一军，已从浙江沿太湖西岸赶来，经过常州，为何桂清留住助守，因此，江南大营仍旧是空虚的。
在静止了４天以后，大战在闰三月初七爆发，李秀成、李世贤兄弟，合力往西进攻，大败张国梁于马鞍山，同时陈玉成，从全椒撤围，自东西梁山间渡过长江，经当涂往东，与二李会师。至此西楚霸王起兵自刎之地的乌江，东至道教胜地的茅山，都在太平军掌握之中，对江南大营，形成了反包围，但是何桂清在常州则有重兵两万余人，为太平军所隔断，无法为江南大营所用，同时，何桂清亦不愿意为江南大营所用。
在常州的两万余人是这样集中的，当金坛被围时，和春先后调守防扬州的总兵马德昭，及援浙的参将罗希贤，各领三千人赴援，走到中途，何桂清下令马、罗两人，改援常州，而以由浙江赶回来的副将周天孚，以及战斗力不甚坚强的新募潮州兵数千，换到金坛。其次是张玉良的全军，亦不下万人，为何桂清所留住，加上宜兴、广德及王有龄特从苏州调来的精兵一千人，将常州保护得十分周密。在江南大营后路未断时，和春想调张玉良，不许，想调马德昭，又不许。在这时，何桂清已经打定了主意，弃和春、张国梁于不顾，在常州拥众自卫，打算着和、张兵败以后，另起局面。其时常州附近，并无太平军的踪迹，因而他又飞章报捷，奏陈常州、镇江一带的军情，分常州、宜兴、镇江、丹阳、金坛五路部署，各路都请归张玉良节制，自愿力保苏、常辞气甚壮。
其实，这是色厉内荏。何桂清先以书生论兵，其后则全靠王有龄替他策划、替他担当。王有龄一到浙江，何桂清顿时六神无主，因此王有龄不得不每天给他写一封信，规划一切，由专差逐日递到常州，若有一天信不到，何桂清便忽忽如有所失。
王有龄真不负何桂清，看出他好大言而无用，是个经不起考验的人，在此一生祸福，千秋功罪所系的紧要关头，万万错不得一步，所以一再以极严重的语气，警告何桂清，千万离不得常州一步。他的信中有这样几句话：艰难之秋，万目睽睽，瞻大帅为进退，一摇足则众心瓦解，事不可为矣！
何桂清起先亦未尝不想坚守，但兵败如山倒，觉悟到拥兵自卫，不援前线则等于自撤屏藩时，悔之已晚。
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当闰三月初七，太平军发动总攻击时，五路十道，同时出兵，士气极旺，相反地，江南大营则流言四起，士无斗志，“开小差”的不计其数，所以太平军所踩的大部分是空营盘，当然，张国梁一军，不致如此。
其时天气极坏，雷电交作。凡是大会战，天时的影响极大，汉光武的昆阳之战，是个最明显的例子，特别是双方士气旺弱不同，坏天气对已坏的士气，必是更坏的打击。所以此际在江南大营中，便分成截然不同的两支部队，和春那部分，逃的逃，躲的躲，不逃不躲的则天天到王浚的营帐去索饷，而张国梁的部下，则受了“副帅”的激励，忍饥受寒，坚守不退，搏战七昼夜之久，到了闰三月十六日，战况发生了剧变。
这一夜各营起火，情况不明，王浚部下首先逃散，接着是和春的部下各自为计，这一下牵动大局，和春、王浚所部，全军皆溃。最倒楣的是何桂清的同年，原任江苏巡抚许乃钊，本不知兵，而强赋以领兵之任，先以失机被革职，却又不放他回杭州原籍，赏给光禄寺卿的头衔，仍留江南大营帮办军务。和春与何桂清不和，与张国梁相左，都靠他从中调停，费尽口舌而不讨好，此时失陷军中，吃尽千辛万苦，才得回到镇江，狼狈不堪。
这一退，沿途抛弃的粮饷军械、锅碗帐篷，以及其他军需，不计其数。张国梁的部队，此时尚屹然未动，但一听大军溃散，自然动摇；张国梁顿足痛惜：“八年心血，毁于一旦！”
愤激伤痛之下，跟曾国藩靖港兵败一样，打算自裁，为部将苦劝而止。
于是，他第二天亲自殿后，撤退部属，太平军所惧的官军将领，没有几个，多隆阿、鲍超以外，张国梁的威名最著，所以还不敢相逼，容他安然退到镇江。
这时何桂清晓得糟糕了，和春是钦差大臣，论军事指挥权，在两江总督以上，九度行檄，乞取援军而何桂清置之不理，该负战败的全责。和春先因身在前线，拿他无可如何，现在退到后方，自然要跟他算这笔帐。如果据实严劾，何桂清百口莫辩。非革职严办不可。因而连夜致书慰劳，同时请和春移守丹阳。
和春自然万分愤怒，但一则自己也有听信王浚，扣饷不发，以致士兵哗变的罪过，再则此时卸甲丢盔，狼狈不堪，诸事要靠何桂清照应，所以只得暂且隐忍。
于是何桂清又上奏，划分防守责任，丹阳以上的军务，归和春、张国梁主持，常州军务，由他与张玉良负责，一等布置稍定，进据溧阳，其实是空话。张玉良的部队，由常州西南到西北，结营２０座，围成一个弧形，都只是为了保护他个人的安全。
收拾残局是靠张国梁，招集溃勇得一万三千余人，自守丹阳，另外他的部将冯子材未败，以一万二千人扼守丹阳之西，正当第一线的镇江。安顿尚未完成，何桂清已来公事催了，他自己的部队，按兵不动，却催和春、张国梁，进援金坛。
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其时太平天国，正在大开庆功宴，接着由李秀成主持会议，商定战略，先取苏杭上海，再购置轮船二十艘，水陆并进，西取湖北。这是闰三月二十一的事；四天以后，开始行动，由李秀成统率全军，方略如此：
一、侍王李世贤、辅王杨辅清等，随同李秀成，攻取苏州。
二、皖南调来的部队回防。
三、英王陈玉成再攻扬州，目的牵制江北清军，不能南援苏常。
四、别遣一队赴皖北，支援捻军张洛行。
太平军“东征”的先锋，是陈玉成的部将刘玱琳，陈玉成因为要渡江攻扬州，所以亦在东征军中。刘玱琳受计，不攻正面镇江，由句容往西南，先取珥村，珥村在金坛之北、丹阳之南，相距各４０里，是镇江与常州往来间道的中心，亦为北面丹阳、南面金坛、东面常州这个三角形的中心，夺取其地，可以进而截断常州与丹阳的通路，果然，何桂清闻警，派马德昭往西北方面的奔牛镇迎敌，而太平军则化装成清军，直趋西北的吕城——东吴大将吕蒙所筑的城，东距奔牛镇１８里，隔绝了常州通丹阳的大道，至此，水陆两途都为太平军所冲断，丹阳孤立无援了。
就在这时候，前军有一批饷银解到，王浚依然如故，每名士兵仅发银２两，而且名之为“借给”，因而包括张国梁所部在内的全军大哗，各营普遍表示：“如果不发饷银，不换翼长王浚，决不接仗。”而和春执迷不悟，无所处置。
到了第二天，两军接战，刘玱琳的部队首先开火，不断一排枪、一排枪地放，清军真个“不接仗”，相持了一个多时辰，和春部下熊天喜的马步，在丹阳苏西南的白土镇溃败，熊天喜本人自杀。
这时候李秀成已亲将１０万人，抵达丹阳，震于张国梁的威名，不敢造次，步步为营地向丹阳城下逼近。张国梁开丹阳南门迎敌，太平军望见“张”字帅旗，立即撤退，而张国梁实力不足，未敢穷追，此时他最主要的工作，便是收容散兵游勇，编组成军，好稳住阵脚。
收集溃散之卒，最要紧的是照料生活，可是这批饥卒疲兵，既无营帐可以容身，亦无铁锅可以造饭，至于其他军需，更不用谈起。部队成了这样子，不但不能拒敌，而且如置火药于热灶之上，是件极危险的事。
闰三月二十九，清军不战自溃，顿兵观望的太平军，向丹阳西门进击，其时一片混乱，但见张国梁率亲兵，往来驰骤，不断冲杀，却无法杀出重围，而太平军改扮清军，乘机混入溃卒中，反向张国梁袭击，以致浑身重伤，力竭时还手杀数敌，跃马入丹阳南门尹公桥下而死。
李秀成占领丹阳，第一件事就是找寻张国梁的尸首，以礼葬在尹公桥塔下。接着，送陈玉成渡江佯攻扬州，而仍派刘玱琳为先锋，直逼常州。
常州本地人，决意自保，溃兵过境时，老百姓在城上抛掷砖石，用意是迫他们不可溃退，但无效果。第二天，和春与许乃钊脱险到常州，连随从只得十二骑，王浚则死在乱军中了。
何桂清见此兵败如山倒的景象，吓得心胆俱裂，“力保常州”的壮语，早已抛到九霄云外。同时接替王有龄而总管粮台的卸任按察使查文经，迎合意旨，邀集同官，向“大帅”上一通“公禀”，请退保苏州。何桂清大喜，当即批示“照准”，即日拜折，说钦差大臣和春已到常州，军务仍归督办，他则移驻苏州，以便筹饷接济。
这一下招致了常州百姓大大的惊惧与不满。在先前，何桂清已密遣亲信，将他那“门稿”出身的老太爷与两个姨太太送到通州，却又贴出告示，派兵按户严查，不得迁移，以免影响民心士气。至此，狐狸尾巴完全露了出来，无锡、常州的民姓，一向对利害观念的感觉比较尖锐，所以有“无常一到，性命难逃”的谚语，何桂清玩弄常州人于股掌之上，自然难逃性命；四月初一那天，常州耆绅到总督行辕去“跪香”，留他勿走。
何桂清岂肯留在危城？一面派人敷衍，一面乔装改扮，溜出东门，正待上马时，遇见在城外巡逻的常州府知府平翰。
何桂清当他是来追自己回城，亲自拔出洋枪，威胁平翰，等他一走，何桂清率五百亲兵，绝尘而去，１０里外运河边上，已有船在等着，下船直放苏州——他是第二个脱逃的大吏，第一个是查文经，前一天上公禀为何桂清开路，以此“功劳”，得用“护运饷银”为托词，奉总督批准，先期脱出。
何桂清到达苏州，碰了个大钉子，这是后话，先要叙常州的情形。
常州官场，从总督逃之夭夭，变成群龙无首，文武官员尽皆奔散。明、清两朝，地方官的威权特重，总督开府，出巡的派头，连王公都不能比，但有一条决不可移易的原则，就是“守土有责、城在人在、城亡人亡”。如今何桂清一走，弃地的责任，归他一肩承担，文武官员，乐得避危趋吉，王有龄告诫何桂清“不得离常州一步”，原因在此。
文武官员一逃，诸军皆溃，既烧且抢，无所不为，只有张玉良的部队未散，但军纪亦很坏。张玉良为防守计，下令坚壁清野，他的部下便借烧民房的机会大肆劫掠，丹阳的溃兵，如法炮制，三番抢劫，民无孑遗而常州毕竟未曾守住。
先是官军有一营通敌，迫使张玉良退往无锡高树，但城外的居民无屋可住，退入城内，城内存银７４万两，柴米油盐及一切生活必需的杂货，存量相当充足，所以当地绅士中，以康熙名臣赵申乔的六世孙赵振祚为首，倡议举唯一不逃的官员，职居通判的旗人诺穆布为“城主”，自行守城。李秀成、李世贤、杨辅清自四月初二围攻常州府城，并致书招降，到了初六，张玉良留在城内的一小队，与太平军有了勾结，纵敌以绳梯登城，常州沦陷，太平军屠城，死的人不计其数。
常州城破之日，逃到无锡浒墅关的和春，悔恨交集，吞鸦片自杀。其时何桂清已到苏州，徐有壬闭城不纳，下令凡总督的随后，一个人不许进苏州。同时上疏严劾何桂清弃城丧师，纵兵殃民。何桂清无奈，由苏州到常熟，当地绅士递了一个公禀，说“常熟小邑，不足烦督府亲驻，请免税驾以召寇”。何桂清表示亲兵缺饷，当地百姓送了１０００两银子的饷，２００两银子的程仪，何桂清住了３天，以借洋兵为名，逃到上海。
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太平军既下常州，第４天进攻无锡，张玉良倒是狠打了一阵，无奈众寡不敌，太平军别遣一军绕出九龙山之西，由间道攻无锡，只守得一日，即已沦陷。张玉良收集残部，奔向苏州，自请助守，徐有壬不放他进城，指定他屯兵葑门外。
其时东来的溃卒，一批一批地烧抢，城外富庶之区，成了一片瓦砾，苏州人恨极了官兵，竟发现了反动的标语，张玉良见此形势，一无可恋，连夜拔营遁走。
其时苏州城内，已有两名太平军的间谍埋伏着，一个叫李文柄，广东人，原跟小刀会刘丽川在上海起事，上海克复，投降官军，以后改了名字，捐官候补道，分发苏州，走门路做了带兵官。另一个叫何信义，也是广东人，候补知府，带过抚标中军。这两个人等李秀成的军队一到，开城出降，正好遇上徐有壬带兵在巡逻，于是短兵相接，展开巷战，徐有壬不屈被害。李秀成只派了２７０多人进城，就占领了苏州。
太平军的东征，初步至此告一段落。此一役也，清军降的有五六万，所获金银财宝、大炮洋枪无计其数，到了四月下旬，继续东进，昆山、太仓、嘉定、青浦、松江，相继易主，东南膏腴之地，尽入太平军掌握，于是决定第二阶段的计划，进攻上海。
在上海的两江大员有总督何桂清及由藩司坐升的江苏巡抚薛焕。何桂清这时已上了奏折，说“和春溘逝，兵勇解体，大局摇动，非臣书生所支持。”文宗接奏震怒，亲笔批示：“平时侈谈彼短，一旦决裂，不知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有愧书生二字。”
所谓“侈谈彼短”者，指他在江苏学政任内，一再上书论兵，对他的同年江苏巡抚许乃钊，多所指责而言。许乃钊虽不知兵，但先练“抚勇”攻小刀会刘丽川，次则在和春大营，身临前线，进退与共，而何桂清拥兵自卫，置精锐于无用之地，以致江南大营因势孤而陷，已不可恕，及至太平军自东而至，丹阳未失，镇江屹然，常州则兵粮俱足，民气可用，居然望影先逃，并且在老绅跪香攀辕时，命亲兵以洋枪轰击，杀无辜１９人之多，真所谓丧心病狂，衡诸国法、天理、人情，都非杀不可。
然而京内消息隔膜，江南人“都曰可杀”，京朝大老，却颇有人为何桂清缓颊。先是当江南大营一破，文宗忧虑苏常不保，大学士军机大臣彭蕴章还说：“何桂清驻常州，筹划精详，又有张国梁、张玉良一批骁将，文武协力，战守有余，苏常必保无虞。”不数日败讯到京，文宗痛责彭蕴章无知人之明，因而解除军机大臣的职务。同时，何桂清被革职查办，以曾国藩为两江总督兼钦差大臣，督办江南军务。
当时湘军还未入江苏地界，江苏的最高地方长官是薛焕，他是何桂清所提拔的人，自然向着何桂清，其次是浙江巡抚王有龄，也要救何桂清，所以多方庇护，一再联衔上奏，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”，文宗不许。于是又说他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京伏罪，文宗又不许。以后英法联军内犯，文宗出奔，接着发生辛酉政变，肃顺被诛，恭亲王掌国，两宫太后垂帘听政，由于这一连串的大事，拿问何桂清一案，便拖了下来，容他在上海苟且偷生了两年。
同治元年四月，朝中大局已定，于是何桂清不能不就逮，解到京城下刑部大狱，主审的秋审处四总办中，有一个是直隶司的郎中，名叫余倬光，正好是常州人，冤家遇着对头，何桂清就没有活路了。依照大清律，“封疆大吏失守城池”应得的罪是“斩监候”，但秋后处斩，须先经御笔“勾决”，这就有了一丝生机，到时候可以设法为他乞恩缓决。所以余光倬加上一条罪名，说他“击杀执香跪留父老１９人，忍心害理，罪当加重”。因而拟了“斩立决”，余光倬必杀何桂清，虽有私憾，但论法则亦实无活理。当时的刑部尚书是云南昆明人赵光，他是嘉庆二十五年的进士，这一榜是名榜，出了个连中三元的广西人陈继昌，榜眼叫许乃普，就是许乃钊的胞兄，以此渊源，赵光对何桂清如何制和春、张国梁的肘，如何失陷苏常、如何纵兵殃民，十分清楚，所以传说在何案定谳覆奏的折子中，赵光有这样的警句：“不杀何桂清，何以谢江南百万生灵？”赵光为人庸愚，但这句话却是义正辞严的公论。
慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于刑部定拟的罪名，不肯轻作裁决，降旨命大学士六部九卿科詹科道会议，这就是明朝的“廷议”，是件很郑重的事。会议结果，如刑部所议，而慈禧太后还不忍轻杀大臣，另有一道懿旨。
懿旨上这样说：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”这意味着，“上头”预备网开一线，所以跟何桂清有交情的、受了运动的，或者间接有关系可能受株连的，本以为何桂清罪无可逭，救亦无用，而在廷议中默无一言者，此时纷纷上疏论救，总计有１７人之多。
一马当先的是大学士管部的祁隽藻，他的行辈甚高，在当时已列入耆宿之列，山西寿阳人，所以多称他为“寿阳相国”。此人还存着清初贰臣的观念，当曾国藩办团练，出师有功时，他居然以为汉人一呼而集万千众，非朝廷之福。此时上疏救何桂清，首先就引用嘉庆的谕旨：刑部议狱，不得有加重字样。认为余光倬所拟，不合祖制。此外如工部尚书万青藜、御史高延祜，都是声名不佳的人物，而薛焕感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走门路，所以初夏被逮，到深秋还拖在那里。
慈禧太后为了笼络大臣，倒不一定想杀何桂清，但正人君子饶不过他。首先是最早参劾何桂清的御史卞宝第，抗章驳祁隽藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的圣谕，这顶帽子太大，本难指驳，而卞宝第驳得十分痛快，他说仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。轻轻一语，就把他那顶大帽子卸掉，然后又说：道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁隽藻当军机大臣，没有听见他说什么话，“何独于何桂清护惜若此？”这个奏折一发抄，时论大快。
不过，何桂清生死之机，最后决于一个人，就是曾国藩。
当时京卿中有个李棠阶，河南人，跟倭仁、曾国藩都是当年做京官时讲理学的朋友，慈安太后听文宗生前提到过这个人，所以特旨内召，任用为太常寺正卿，当浮议嚣张时，李棠阶上一个密折，说是：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”这是撇开刑律及何桂清个人的祸福，以大局军务为着眼点，东南军事在着着进展之时，自然不能做出打击士气的事情来，所以，连慈禧太后看了这个奏折以后，态度也迅速地转变了。
何桂清这一案的关键，本在他为何由常州脱逃？如果这一点能有所辩解，则可以不死，所以刑部审问时，他提出一份薛焕等人所具的公禀，请他退到苏州，以保饷源重地，证明他本心并不打算弃地。事过境迁，当时是否有必要退至苏州？是非无从判断，同时这张公禀，究竟真的出于当时，还是事后补具，以为卸责的余地，亦无从查究，因而朝廷特意降旨，命现任两江总督曾国藩查核具奏。
曾国藩身在两江，疮痍遍地，目击心伤，而且他带着兵负破敌的全责，亦不能不为士气着想，因此，一向不大肯说题外之话的他，覆奏措词，如老吏断狱，犀利无比。
曾国藩的覆奏是这样说：“督抚权尊，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究，疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹罪状，不必以公禀有无为权衡。”
这几句话精警绝伦，无人可驳。而在曾国藩覆奏未到以前，救何桂清的祁隽藻等人，费尽九牛二虎之力，已搞出一丝生机，至此又复断送。
祁隽藻他们所想的办法，就是将何桂清的罪名，弄成斩监候。为达成此一目的，分两方面迂回进行，一方面在廷议中格于公论，仍照刑部所拟“从重拟以斩立决”；一方面由祁隽藻领衔上奏，说“遍察刑律如临阵而退、弃城先逃等条，罪至斩监候而止”。加重罪名至斩决，“是为拟加非律”，也就是说超乎律法以外，非臣下所得擅请。然后由军机面奏，拟发上谕：此案既叠经廷臣等会同刑部定拟罪名，自应按律科断，即不必于法外施刑，以昭公允，何桂清着仍照本律，定为斩监候，归入“朝审”“情实”，秋后处决。此后为定照定律，详慎用刑之意起见，非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵也。
这道上谕，看起来合法、合理，一秉大公，毫无可议，其实是军机上欺两宫太后问政未几，不谙制度，用的是瞒天过海的手法，因为这年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等庆典，照例“停勾”，所谓“归入‘朝审’‘情实’，秋后处决”，根本是空话。
所谓“朝审”，起于明朝英宗复辟以后的天顺三年，将待决之囚，在霜降以后处决以前，作一次最后的审判。对各省的死囚而言，此一程序称为“秋审”，而刑部狱中的死囚，则称为“朝审”，由刑部特选精干的司官人员，组织秋审处，主办其事。朝审或秋审的结果，分为五类：情实、缓决、矜疑、留养、承祀，最后两类多为独子以承宗祧，奉养父母，可以不死，缓决、矜疑则尚待进一步审讯，惟有情实一类，则在勾决之列，须另缮黄册呈览。不过，这年虽然停勾、招审册，仍应照呈，何桂清的罪名，已指明为“情实”，却由于打通了秋审处的关节，而余光倬势孤不能力争，所以未将上谕中“非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵”的“紧要之语”叙入，企图蒙混过关，不想又遇到了一个硬铮铮的对头。
这个对头就是李棠阶。军机大臣中除了恭亲王以外，本以恭亲王的老丈人桂良为首，桂良在咸丰八年与英法公使在上海议和时，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知这年夏天一病而亡，军机大臣空出来一个缺，秋天补了李棠阶，此时便根据曾国藩的覆奏力争，因而降旨切责刑部，严加申饬。
于是刑部补具手续，特降谕旨：已革两江总督何桂清一犯，因廷臣会议，互有异同，酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以新监候，秋后处决，已属法外之仁。
今已秋后届期，若因停勾之年，再行停缓，致情罪重大之犯，久稽显戮，何以肃刑章而示炯戒？何桂清著即行处决！
于是何桂清被绑赴菜市口，一刀斩讫。而余光倬则跟何桂清的私党结了怨，而本来已考上了御史，而且“京察”一等，照例立即可以升补，为人借故弹劾，京察一等及御史记名，一律撤销，竟致闲废。
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现在再回头来谈王有龄。
他是咸丰十年闰三月初到杭州的，一到先办善后，李秀成初次攻占杭州，虽只逗留了七天功夫，但杭州府属的百姓，死了二十几万。城是空城，大小衙门统通烧光，无钱无粮，而要抚辑流亡，确是大不易之事，好在他跟浙江的关系特深，又有朱大器帮忙，勉强修葺城墙，制造器械，将张国梁所部以及他自己从江苏带来的亲兵，总共三千人不到，分驻各处，算是防务粗定。
但不过一个月的功夫，江苏的局势急剧恶化，太平军势如破竹地一路打过来，占领松江，并已迫近浙江边境，果然，四月二十四日嘉兴失守。此时如果长驱南下，杭州可能早已不守，但太平军的基本战略，是要巩固“天京”外围，如果进攻杭州，则一线深入，自蹈危地，为兵家所忌。
太平军当时的第一目标是上海，如能攻占上海，则不但海关的洋税，大堪润泽，而且有了通外洋的海口，购旧船二十艘，水陆并进攻湖北的计划可以实现，同时军械粮食，亦可犹得源源接济。因此，嘉兴的一支兵，为攻上海的后备，自然不肯用于无用之地的杭州。
但是，东北面的压力虽不重，西北面却又吃紧，广德失守，总兵米兴朝退至孝丰。接着，陈玉成佯攻扬州，牵制官军的任务，由于李秀成席卷吴中而完成，回金陵休养数日，于六月初五日由宜兴入浙江，连占长兴、于潜、临安，１３天攻到余杭，离杭州只有几十里的路了。
其时浙江的兵力，以不受徐有壬欢迎的张玉良一军为主，正在嘉兴一带防守，浙江除了湖州附近以外，就数嘉兴到杭州这一段最富庶，为保饷源，这一路不能不着力防守，所以张玉良一军不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，却远在玉山，只有守门的三千余人，可以调遣，带兵官叫刘季三，是个总兵，受命拦截，在杭州城北的拱宸桥遭遇，王有龄亦带队上城墙助战，刘季三总算打得不错，身先士卒，亲以洋枪毙敌。太平军暂时退走，但大队有十几万人之多，而官军总数只得一万三千，就在这众寡悬殊，形势危殆之际，陈玉成忽然得了重病，不能指挥。
于是陈玉成全军撤退，余杭、临安、于潜、富阳、新城等地，相继克复，杭州暂时转危为安。但是，军饷却成了大问题。
浙江全省军饷，每月需四十几万。当时筹饷的方法，各地大同小异，大同者，取之于商民的厘捐，小异者，税源因地因时而有差别。浙江的厘捐，以丝茶为大宗，皖南一途，兵连祸结，茶商裹足，此外行销江西徽州的所谓“饷盐”，亦由于烽烟处处，道路艰难而无法运销，厘捐收入，大不如前。
除本省自筹以外，又有所谓“协饷”，靠比较平靖而富庶的省分协助，浙江每月的协饷是：江西６万、湖南３万、四川５万。此时都自顾不暇，根本不解，只偶尔福建有所接济。
这样通扯计算，每月要差半数，王有龄虽以善于筹饷著名，但差额过大，亦有难于弥补之苦。
幸好，李秀成对上海发动的攻势，受到了有力的打击，所以整个东南大局，犹有可为。
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江苏膏腴之地，其时只剩下冯子材一军苦守镇江，以及上海与浦东三县而已。但上海由于租界的关系，造成了畸形的繁荣，所以关税百金，数倍于往昔。在何桂清未失苏常以前，上海的官商就有自保的计划，官则苏松太道吴煦作主，商则四明公所的董事杨坊为首。同时，英法领事为了维护其在上海侨民的生命财产及商业利益，亦支持吴煦与杨坊的计划。
这个计划是招募洋人编练洋枪队。有个美国纽约人，叫做弗立克·华尔，军校出身，在国内犯了法，亡命到上海，本来是想投效太平军的，为人所劝而中止。结果为吴煦所物色——一说华尔为美国领事署所逮捕，预备押解回国，归案审判，经吴煦代为向美国领事说项，得获解放，华尔受惠感恩，是自愿投效的。
华尔所编组的洋枪队，以菲律宾人为主，总数只一百，另外招募了几百中国人，一半改穿西服，冒充外国人，一半仍着常服，跟在队伍后面，聊壮声势。就凭这一支怪队伍，经过一个半月的训练，居然大败太平军于松江。
主要的原因，中国人当时虽已会用洋枪，但由洋枪而来的“兵法”，却茫然无知。当华尔率队出发之前，他就下了严厉的命令：“有进无止，止者斩！”等到两军相接，李秀成的所属陆顺德的部卒，枪炮齐发，火网甚密，华尔只是下令“卧倒”，太平军的枪炮完全虚发。等打过一阵，华尔下令还击，１２０人的排面，打了一排枪，第二批接着来，然后第一批趁此空隙装子弹，接着第二批再打。一共只打了３排枪，太平军就死了几百人，败退入城，华尔领先冲锋，跟着到了城里，展开巷战，太平军四散溃逃，松江城就这样轻易地克复了。
当华尔出发以前，吴煦曾经禀明已升为江苏巡抚的薛焕，只要攻入松江，太平军的一切，以及官府库藏，都归洋枪队所有。因此，太平军一退，华尔首先就清查战利品，谁知打开府库一看，空空如也，太平军早已席卷而去。华尔跟吴煦提出交涉，结果另外送了他五千银子，作为补偿。
于是华尔以松江为根据地，扩充洋枪队，六月间曾一度进攻青浦，未曾得手，上海得此犄角之势，总算稳住了。
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在浙江的战事，始终紧张。张玉良攻嘉兴狠打了几场胜仗，七月下旬，李秀成亲自领军对敌，血战五昼夜，相持不下。于是李秀成出奇兵自间道攻石门，此地为张玉良的粮台所在，一把火烧了军粮，前线士气，大受影响。张玉良负伤败退，太平军跟踪而下，从海宁分兵两路，一路向石门，有进犯湖州的模样，一路直扑杭州。王有龄与将军瑞昌、提督饶廷选，分守西北两城，同时因为各地都有官兵通敌的事情发生，所以王有龄下令，将散兵游勇，尽皆驱逐出城，杭州城内的治安，相当良好，但粮饷不足的困难，却愈来愈甚。
不久，进犯杭州的两路太平军，不战自退，这是因为李秀成攻上海不利，收兵回苏州，预备重新整顿补充，检讨局势，另作部署的缘故。
可是皖南一路，依然吃紧。由广德过来的大股太平军，目标是在湖州。湖州的防务，完全得力于赵景贤，当时各地纷纷举办团练，自保地方，而功效卓著，则首推湖州。此亦不能不归功于王有龄当湖州知府时，慧眼识英雄，能够支持赵景贤。
湖州是水乡，太湖在北，苕溪在西，汊港纷歧，一苇可航，所以在防务上，到处都是漏洞。赵景贤跟王有龄商量，添筑外城一道，紧靠龙溪大河，城墙上下，多筑炮眼，外城左右亦安设炮位，只要敌人一过河，火力压制，便无立足余地。
当时攻城最通行的战术是挖地道，填火药，轰坍墙，一拥而进。湖州由是利用地形，添筑这道外城，大为得力，始终不虞敌人挖掘地道，此为湖州得以久守的一个主要原因。
到了十月初旬，严州一路失利，新城、临安相继不守，富阳随即失守，前敌两员主将，总兵刘芳贵，副将刘季三、双双阵亡。这一下，不但省城吃紧，而且由富阳渡江，可以威胁宁绍，浙东在此时是全省主要的粮源，不能不保，因而王有龄作了一次奇袭。
他在富阳失守的第２天，抽拨马队５００人，步兵１０００人，下令已在傍晚，限定二更拔队，五更到达富阳，调集最精良的火器，由东南两面集中攻击，大声呐喊，声势甚壮，太平军不知有多少人马，望西北两门败退，王有龄亲自领兵拦截，斩获甚多。到了第二天上午８点钟，收复富阳。这一仗打得相当漂亮。
在此由七月到十月的１００天中，中国的国际关系，有了极大的变化，英法联军，终于内犯，七月初七攻占天津，接着侵入北京，火烧圆明园。文宗仓皇出奔，逃到热河行宫避难，九月十一日，恭亲王签订了北京条约十条，成就所谓“抚局”。这自是丧权辱国的条约，但对平定太平天国，却大有帮助。
在清朝与太平军之间，英国最初严守中立，其后由于两广总督叶名琛的颟顸，换约问题，引起轩然大波，英国改变策略，有意利用太平军来威胁清朝，与江宁方面的接触，不绝如缕，清朝是希望洋将“助顺”，则出入之际，关系太大。
这只是恭亲王与英法议和时，不能不委曲求全的苦衷。及至北京条约成立，尘埃落地，英国因为有条约的关系，不论是保护他们自己的利益也好、遵守国际公法、尽其应尽的义务也好，都不能不支持清朝。且不说以后李鸿章的“用沪平吴”，得力于此“正常化”的中英关系，即就当时而论，上海的局面便立刻发生了极深刻的影响。
李秀成是极有政治头脑的人，他并不以攻城略地，耀武扬威满足，而是要取得膏腴之地来支持他“北征”的计划，因此攻取苏州时，仅派２７０人入城，一面严申军纪，一面极力安平，务求促使地方士气。上海在短短三数年间，一跃而为东南的精华，当然更不肯轻加兵火，所以他以运动会党及官军起义与联络洋人，双管齐下，打算和平接收上海，此中的关键，当然系于英法公使的态度，李秀成早于五月间递送了一件“照会”，申明占领上海、松江的必要，自以为已取得谅解及默契，而其实不然。
在北京条约没有签订以前，英法公使虽循薛焕之请，以武力保护租界，并派兵协守上海县城，但对外仍表中立，这就等于间接答覆李秀成，太平军攻上海，英法将出以“默成”的态度。等到北京条约一成立，英国人公使布鲁斯对太平军的表面如旧，暗底下却已准备“助顺”。这一转变，李秀成自然不知道，同时当时中国人对国际事务的缺乏了解，他亦看不出北京条约对他会发生这样迅速而严重的影响，因此在上海吃了个大亏。
李秀成只带了３０００人到上海，先在南市九亩地与清军遭遇，打了个胜仗，便分西南两面推进，以为预先有接洽的会党和官军会开城迎接，而助守的洋人，一定袖手旁观。哪知一到城下，城上的一千二百英法联军，随即开火，太平军死了好几百。其时风雨大作，李秀成以为视界不明，引起了误会，不愿还击——事实上在英法联军强烈的火力，且是居高临下的优势压制之下，亦无法还击，急急下令退兵。
其实，误会的是李秀成，他的整个和平接收上海的计划，已经完全破灭，除了洋人态度的转变以外，所联络起义的会党及官军，亦为薛焕事先防范无法动手。
这些情形，李秀成不知道，第二天又迫近城下，由南门转往西门，英法联军，水陆并攻，开炮轰击，以致李秀成亦受了轻伤。这时他才恍然大悟，外援内应，皆不可恃，只能撤退。临走时留下一封长信，痛责英法公使，无非出气而已。
上海一撤退，浙江方面的压力便重了。嘉兴、石门的攻防战告一段落，李秀成先回苏州部署防务，然后到“天京”参加军事会议，与洪秀全族中的兄弟“干王”洪仁?，商定了五路进兵援安庆的策略。
安庆是当时整个战局的焦点。湘军攻下安庆，便可再度进围江宁；而在太平军，则安庆围解，不独对“天京”的直接威胁，可以消除，而且进窥两湖，打通长江，东南与西南联成一气，这局面自然非局处东南一隅所可同日而语。
当曾国藩受命总督两江时，原有东援的任务，但他迟迟不进。这因为曾国藩的用兵，有他与众不同的一套——清朝的皇帝以明为鉴，而有见识的大臣，亦无不如此，曾国藩熟读明史，练兵学戚继光，用兵则学杨嗣昌，以静制动，稳扎稳打，他的整个战略，乃是以高屋建瓴之势，从长江上游，打到长江下游。自东晋开发江东，长江代替了黄河的地位以来，欲保长江下游的金陵，必守住长江上游的武昌，武昌、九江既为湘军所掌握，那么，下一步就必攻安庆，舍此而东援，则气势不贯，且可能腹背受敌，所以尽管上海、杭州吃紧，薛焕、王有龄乞援的公文，雪片飞来，曾国藩始终不肯撤安庆这围。围安庆的是他的幼弟，“老九”曾国荃。
当然，要稳住长江上游，克复安庆，必先控制整个安徽，因此，他除了以曾国荃围安庆，派多隆阿攻桐城，并请胡林翼经营霍山、舒城一路以外，自统鲍超的霆军六千人，以及其他部队总计一万人，移镇祁门，接替江西巡抚张萧，主持皖南军务。
其时江浙两会的官军，奔走不暇，为李秀成摆布得团团转，薛焕、王有龄则都寄望于曾国藩，而主张不同。王有龄巴望援军，薛焕则希望曾军能直捣“天京”，则太平军“回顾根本”，压力便可减轻。这些意见不但诉之于曾国藩，亦上达于朝廷，那时文宗在热河，恭亲王留守在京，肃顺与恭亲王不和，各行其是，根本拿不出整套的办法，只是将薛焕、王有龄的原奏，照样转给曾国藩而已。
曾国藩当时很不怕得罪人，首先就指责张芾，奏折中说：“徽宁两处防军，历年取用浙饷，约计千万，浙中恃为长城。
本省别无防守之师，一旦藩篱尽撤，任贼长驱，杭人惨遭浩劫，张萧不能不任其咎。皖南地方辽阔，处处与江浙毗连，一片逆氛，几无完土，惟系臣兼辖地方，自应力筹兼顾。断不能更顾浙江。”另外有一道奏折，则更说得老实：“臣由皖南进兵，以急援宁国，急攻广德为要，力不能兼顾，则以专救宁国为要。”
又说：“徽宁等属，一片贼氛，皖南不安，臣军且有岌岌不保之势，何能屏蔽浙江，更何能规复苏常？目下兵力未齐，上不能分圣主宵旰之忧，下不能慰苏人云霓之望，寸心负疚。
惶悚无地。”话说到这样子，江苏、浙江大可死心了。
不过，曾国藩亦不是全置江浙于度外，只是他的打算缓不济急——曾国藩的打算是让左宗棠独当一面，另练一军，专负援浙江之任。其时湖南巡抚骆秉章奉命督办四川军务。奏请以左宗棠随同入川，曾国藩急奏挽留，以“湖南本省空虚，人心惊恐”的理由，请留骆秉章于湖南，命左宗棠兼程赴皖，“合两湖江西之全力，以救浙而攻苏。”朝旨虽准如所请，但左宗棠领兵五千，要由江西一路打过来，不是三两个月可以办到的事，所以“救浙以攻苏”这句话，亦如画饼。
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在曾国藩立脚未定之时，太平军已经展开了５路进兵安庆的计划，战斗序列是：
第一路、由李秀成从“天京”出发，经皖南，西入赣鄂，进攻南岸，直取武昌。
第二路、由陈玉成自皖北西引入鄂，进攻北岸，直取汉口、汉阳。此两路为大箝形攻势。期以下一年春天会师武汉，夺取三镇，则下游安庆之围必解。
第三路、由杨辅清会同黄文金、李远继一军沿南岸趋赣北。
第四路、由李世贤经徽州进入赣东。此两路可以牵制南岸湘军。
第五路、由刘官方、赖文鸿、古隆贤，继续围攻祁门曾国藩大营，以牵制其麾下各军，当然最好乘机消灭。同时，李秀成又行文安庆守将张朝爵、叶芸来等竭力死守。等各路进兵成功，则安庆不救而自救。湘军如不撤退，回救湖北及祁门大营，将被一网打尽。综计五路军队，多的十余万，少亦八九万。全部动员，总在五十万人以上，超过湘军十倍，所以曾国藩的处境，实在也很困难，不能说他坐视江浙危殆而不救。
其中攻祁门大黄的主将是李世贤，由浙西统兵四万余人，助攻宁国，曾国藩所部张运兰一军，受阻于旌德，于是宁国府以援绝而失守，戴罪图功的提督周天受殉职，其时距曾国藩立大营于祁门，不过１０天的功夫。
接着徽州也失守了。这是曾国藩一生师友交游中的一件大事，也是一大憾事。但平情而论，曾国藩亦实在有不得已的苦衷。
徽州失守的责任，全属李元度。当时李元度是回湖南平江募勇，自成一军，在宁国府失陷之前，到达祁门。李元度原任浙江温处道，曾国藩特请调补为皖南道，预备让他主持皖南的军务，所以等他带着平江的人马一到，随即派他接办徽州的防务。此时立足未稳，曾国藩一再告诫，惟当坚守，但李元度急于见功，不遵调度，出城接仗，屡战屡败，李世贤由绩溪猛扑，平江新募之勇，抵挡不住，竟致徽州失守。
徽州失守后，李元度下落不明，曾国藩驰奏以后，并奉到文宗的温谕：“李元度谋勇兼优，战功屡著，此次挫败，深为可惜。人才难得，着该大臣迅速查明下落具奏。”结果不待查明，李元度自己出现在祁门大营。
曾国藩对他异常失望。这不仅因为丧师失地，还夹有感情上的复杂因素——李元度本是举人，当曾国藩办团练时，他在贵州当学官，平生喜欢谈兵说剑，此时便写了一封数千言的长函，畅论戎机。曾国藩得信大为欣赏，招入幕府。咸丰五年，曾军奉旨移军江西，命李元度回湖南平江原籍，招募了三千人屯湖口，第二年移兵抚州，后来又移到张天师的老家贵溪，协助沈葆桢防守广信府，而三千子弟兵，却只剩下七百了。
咸丰七年，太平军两万攻玉山，而李元度便以七百人迎敌，烧断了浮桥，敌人无法渡河，由上游浅处涉水而过，包围玉山。
李元度回城拒守，被敌军连续不断地攻了两昼夜，他在城头亲自督战，左颊还中了子弹，负伤不退。而敌军忽然罢攻，仔细查察，发现地面下有杂声，知道又在挖地道了。于是，相准了地方，先挖一条壕沟等着。地道挖通，太平军恰好自投罗网，亟亟退去，而李元度已按下伏兵，以寡击众，打了极漂亮的一仗，广信府转危为安，也就因为这场战功，得由知府以道员记名，并加按察使衔，赐号巴图鲁——满州话“勇士”之义，此后又以应援浙之功，放了实缺，是浙江温处道，但浙江的官却一直未到浙江效力，为此，浙江前后两任巡抚罗遵殿、王有龄对曾国藩颇有怨言。
曾国藩对李元度的期望甚殷，而且有意助他成大功、立大业，首先奏调他为皖南道，皖南道本名徽宁池太广道，慈禧太后的父亲惠徵就当过这个官，是有名的一个道缺，照例加按察使衔。
其次当曾国藩出奏之时，曾有一封长信给李元度，所作规划，可见爱重之意。
入皖南膏腴之地，大有可为。顷已奏阁下调补斯缺。明年国藩有维扬之行，此四府一州者，敬以相属。大抵地方事，阁下主之，军务事季高主之，升迁举劾，则两公商办。
由此可见，在曾国藩心目中，是以李元度与左宗棠相提并论的。不仅如此，在感情上，对李元度也有偏爱：阁下不赴浙履任，浙人避免怨阁下而兼及不佞。然仆以贵部守宁国之名城，而以左、张、鲍三军左右夹辅，则仆之为阁下谋也甚忠。
左是左宗棠，当时正提新军六千，兼程赴江西，曾国藩预备让他当广德一路；张是张运兰，在广德与宁国之间游击接应；鲍则是鲍超，将由石埭攻池洲，所谓“左、张、鲍”三路“夹辅”者如此；曾国藩是以所部精锐，助李元度成大功，就像他多方设法助曾国荃成大功一样，等于拿元度当同胞手足一样。
照曾国藩的打算，皖南一地可以托付李元度，他便好去整顿江北大营，既以援安庆，亦以复苏常。那时候祁门大营，自然由李元度主持，虽不能当钦差大臣，至少会有个“帮办军务”名义，然后补实为监司，署理巡抚，顺理成章地以方面大员，当方面之任。
就为了这样一份苦心殷望，变成爱之深则恨之切，大营立脚未定，连失名城，实际上的偾事，亦使曾国藩有创巨痛深之感。如果李元度真的殉了节，则地虽失而士气不失，对朝廷亦好交代。像现在这样空身逃了回来，何以慰君父之望，更何以鼓舞将士？因此，曾国藩大伤脑筋，当然也不会有好嘴脸给李元度看。
于是军中有些刻薄的人，做了一副嵌字的对联：“士不忘丧其元；公胡为改其度？”横额叫做“道旁苦李”。李元度受不了这些讥讪，来了个不辞而别。
这一下，曾国藩真的冒火了。照公事来讲，李元度此刻是“听勘”的待罪之身，何能来去自如？因而请幕友具奏严劾。
这个幕友也是他的门生，就是李鸿章。李鸿章先从吕贤基回安徽办团练，后来在安徽巡抚，也是在他的老师福济幕府中，极不得意，辗转投入曾国藩大营，专司章奏公牍。平日谨遵师命，唯独这一件事，却提出了异议。
“李次青跟老师共过患难。似乎不宜出以如此决绝的手段。”
“李次青自取之咎。”曾国藩说：“大营初立，像他这样子不中用，又不听调度，我何能在祁门立足？”
“祁门形如釜底，是兵家的所谓‘绝地’，本不宜安营。”
李鸿章又说：“老师如果一定要奏劾李次青，门生不敢拟稿。”
曾国藩摸着胡子，慢吞吞地说：“我自己来！”
“果然如此，门生也要告辞了。”
李鸿章以去就力争，而曾国藩丝毫不为所动，将手向外一伸：“悉听尊便！”
师徒二人言语碰僵了，李鸿章当天收拾行李，投奔江西。
曾国藩果然亲自拟稿出奏，十月初十奉到上谕：“皖南道李元度不能坚守待援，着即革职拿问。”
＊＊＊
此时的李元度，已经回到了老家平江。他的从邻门大营不辞而别，倒不是畏罪潜逃，只觉得自己决不是无人欣赏的“道旁苦李”，预备回平江另外招募人马，带出来报仇雪耻。
李元度御下极宽，但不大明是非，部下犯了法，求个情就可以宽免。所以营官部卒，爱戴有之，却不大怕他，也不大听他的号令。畏严乐宽，人之常情，家乡子弟听说李元度来招兵，十分踊跃，很快地又成一军，名为“安越军”。
“越”者浙东，所以“安越军”顾名思义，可知是一支援浙东的单队——李元度与浙江再度发生关系，是一个名叫邓辅纶的人，居间拉拢。
邓辅纶的父亲做过江西臬司，家道小康。由于与李元度是小同乡，所以替他“管带”过平江子弟兵。广信府的攻防战告一段落，李元度回平江重新招兵，邓辅纶却由同知报捐了一个道员，分发浙江，到杭州是在这年七月。
不久李元度就有丧师失地之辱，邓辅纶跟他取得了联系，为他进言于王有龄，说可招募平江勇丁援浙。王有龄所最感困难的就是兵力不足。所以邓辅纶的建议，深中下怀，应允李元度如能办到此事，他可以出面奏调，无形中解消了他的皖南失机的责任。于是而有李元度在祁门大营的不辞而别。
及至十月初十的降旨李元度革职拿问时，他已带兵出平江。其时李秀成由皖南、江西，插入湖北，沿途收罗人马，复又原途回金陵。李元度就跟在太平军的后面，由湖南入江西，一前一后，旌旗相望，而实在不曾接仗，但李元度却诳报克复了江西义宁等地。湖北、江西，居然据以出奏，这一下革职拿问之事，便无形中搁置了下来。
祁门大营，自宁国、徽州接连失陷后，情势危殆，幸亏鲍超、张运兰两军得力，而左宗棠由幕僚转为带兵官，如新硎初发，其势极锐，驻军江西景德镇，与皖南为犄角之势。左宗棠当时骄气还不太盛，与曾国藩相处，还能和衷共济。此外则彭玉麟驻湖口，当水路要隘，对于局势的稳定，亦颇有帮助，所以在咸丰十一年初，大致已站定脚步。其时的情势，可由曾国藩致其长子纪泽的一封家书中，看出大概：正月十四日发第二号家信，谅已收到。日内祁门尚属平安。鲍春霆自初九日在洋塘获胜后，即追贼至彭泽，官军驻牯牛岭，贼匪踞下隅坂，与之相持，尚未开仗。日内雨雪泥泞，寒霜凛冽，气象殊不适人意，伪忠王李秀成一股，正月初五日围玉山县，初八日围广丰县，初十日围广信县，均经官军竭力坚守，解围以去。现窜铅山之吴坊、陈坊等处，或由金溪以窜抚建，或经由东乡以扑江西省城，皆意中之事。余属刘养素等坚守抚建，而省城亦预筹防守事宜，只要李逆一股，不甚扰江西腹地，黄逆一股，不再犯景德镇等。三、四月间，安庆克复，江北可分兵来助南岸，则大局必有转机矣！
目下春季尚早，必有危险迭见，余当谨慎图之，泰然处之。
鲍春霆就是鲍超。他的部队即名为“霆”军。其人是中国行伍出身的军人中，最可爱的一个，曾国藩平生驭将，亦以得鲍超为赏心快意的一大乐事。彼此相知甚深，有许多佳话流传。
皖南及江西的局势倒是稳定好转了，浙江的局面却是从咸丰十年二月杭州初次失守，到此时将满一年，始终未见起色，论各省军务，浙江是最弱的一环。提督饶廷选固少将略，谈浙江本省的兵力，主力不过衢州镇总兵李定太的一万二千人，保土御匪，都靠杨昌濬的所谓“借将”，最显著的是张玉良，借自江南大营，此外还有林文察，是清朝台湾的唯一将才。
借将以外，复有借势。借势者靠恃他省为屏障，因此皖南的军饷，一直由浙江筹拨，年耗三十余万，而周天受门户之见极深，浙江并未能获得保护的实益。当洪杨初起时，各省都在练兵，惟有黄宗汉采取御敌于境外的策略并不错，且颇受文宗的奖许，但因此便缺乏如胡林翼所说的，“得力之将数人以折冲御侮于其间。”实亦非始料所及。
至于彼此相仇，则说来最令人痛心，所谓“乖气致戾”，只谈一件事，就可想见：有个四川人，叫王道平，在杭州城内巡抚衙门前面的“梅花碑”摆测字摊，已经十几年，忽然有人疑心他通匪，说已接受太平天国的伪号，就是王道平三个字翻过来，伪封为“平道王”。
这样匪夷所思的事，居然有人相信，拿他捆送营务处，要求立即处决。官府当然要依律审问，搜查他的寓所，毫无佐证，而暴民鼓噪辕门，群聚不散，结果将王道平拉了出来，“脔割其肉立尽”，这股乖戾之气，实在可惊亦复可忧。
乖戾之事，不一而足，愈到危急时愈甚，远道风闻，只道浙江的局势，是名副其实的“兵凶战危”，避之为吉。
当然，认为浙江的局面不祥，仅是他省手握兵符的大帅不肯援浙的三个原因之一，此外两个原因是：第一，自顾且不暇，如果舍己耘人，何异纵井相救，第二，何桂清失陷苏常，影响大局不细，士论对何桂清十分不利，而王有龄是何的谋主，连带予人以很不佳的印象，当然亦无法激起他人奋身援手的侠义心肠。
因此，尽管王有龄赏加头品顶戴，圣眷甚隆，但他支撑浙江的局面，其中艰难困窘，怨谤丛集，几次欲哭无泪之苦，实非局外人所能想像。最感棘手的，还是兵饷两事。饷则竭泽而渔，先以协济他省的，至此自给不足，先是积欠三四个月始能发给一个月，换句话只能照原额发放三分之一或四分之一，到了咸丰十一年春天，积欠三四个月竟只能发放半个月了。
因此，不但军纪愈坏，扰民更甚，兵民相仇的程度更深，而且借来的客军，纷纷求去——当然，讨还援兵的省份，亦有其不得已的苦衷，如福建由于咸丰十年冬，武平、连城、长汀失守，第二年春天便不能不要求撤回闽勇。
闽勇由总兵曾玉明、副将惠寿所统带，而实际上的主将是林文察。他是台湾彰化人，字子明，咸丰八年助剿淡水土匪，捐饷助军，做了武官，官衔是游击，留福建补用。咸丰十年，建宁、邵武及宁洋、永安间，有两大股土匪骚扰，为林文察所破，因功擢升参将，赐号“巴图鲁”，巴图鲁必赏穿黄马褂，但称号不同，林文察此时的称号叫做“固勇巴图鲁”。
林文察受命援浙，是在咸丰十年十二月初。当时太平军由江西出浙江婺源，攻下常山，接着江山亦易手。林文察以孤军受命收复江山，在失守后的第五天，与太平军大战于大溪滩，旗开得胜，连夜追击，李世贤屯江山一带的部队有两万多人，倾巢而出，分三路抄袭。林文察所部只有二千人，分别迎战，又大胜一仗，斩获千余，李世贤退回江山城内，自此日有接战，互有胜负，形成胶着的形势。
十二月廿五，林文察发动一次突袭，亲自带兵“踏营”，林文察的部队，得力于火器精良，一时火光烛天，城内大震。
他在踏毁十几座敌营以后，乘胜攻城。他一面身先士卒，登云梯、攀城墙，一面设下埋伏。李世贤所部仓卒遇变惊惶失措，由西、北两面遁走，为林文察预先埋伏的炮兵所轰击，伤亡甚众。江山县城亦就在这一夜为林文察所收复。因此，擢升副将，晋号为“乌讷思齐巴图鲁”。
到了咸丰十一年二月间，闽浙总督庆端要求撤回闽勇，王有龄万分不愿，但其势实不可留，因为名义上浙江归闽浙总督管辖，而总督又有节制辖区军务的全权，可以直接下令总兵曾玉明撤调人马。
这一下，去了一万多人；而且是颇能打仗的台湾和漳州籍的部队，浙江的防务大受影响，王有龄奏调在湘军中不甚得意的的将领秦如虎、刘培元募勇来浙。但最盼望的却是李元度，王有龄让朱大器筹集了一笔现银，间关送到军前，而李元度一入江西境内，行军甚慢。杭州城内天天传说：“李道台的兵快到了！”其实是地方大吏，为了安定人心，故意放的空气。
其时除了杭州以外，上起嘉兴，下至浙江与江西、安徽交界之处，都有太平军的踪迹。所幸者，钱塘江南岸的宁波、绍兴两府，完整无缺，但全省１５路军需，亦不能尽靠宁绍。
此外湖州孤悬，而赵景贤守得极好，此人是一奇才，与太平军作战，几乎从未吃过败仗，是王有龄唯一可以信任的带兵官。
那时已经文武不分，由监司到县令，莫不是带兵官，而且亦似军民不分，办团练的绅士，亦莫不是带兵官。宁绍的防务，就由在籍绅士王履谦负责，他寄籍顺天府大兴县，本籍绍兴，字吉云，与曾国藩同一年点的翰林，官做到左副都御史，咸丰七年免职，为文宗派为浙东团练大臣，跟王有龄不和，成了浙江局面的致命伤。
＊＊＊
到了这年夏天，太平军五路援安庆的计划，几乎完全失败。其中最重要的是李秀成的第一路、陈玉成的第二路和李世贤的第四路，第四路的任务是先攻皖南，断湘军的粮道，但集中二三十万人围攻祁门一隅之地，却始终未能打垮曾国藩的大营。先是第三路黄文金为鲍起、左宗棠一败再败，不能成军，接着是李世贤的第四路，先胜后败，为左宗棠大破于景德镇以南的乐平。统全军撤回浙江，从此不复再能窥伺皖赣。
第二路先由陈玉成自桐城、霍山进入鄂北，占领英山，陈玉成其前锋伪装清兵，长驱直下，向南疾进，十一日之间，行军六百余里，连下三城，由蕲水攻陷黄州。据说英国公使馆的参赞巴夏礼，正陪英国海军司令何伯，从上海坐兵舰西上，到汉口去调查开商埠的事，经过黄州，与陈玉成见面，劝他不可再向西进兵攻武汉，以免妨碍英国通商，否则必致与英国军队发生冲突。同时又告诉陈玉成，说一路西来，绝未听到李秀成或有其他太平军部队进兵江西的消息，警告他孤军深入，必无后援。陈玉成信以为真，放弃了与李秀成会攻武汉的计划，回军去援安庆——陈玉成的老母妻儿，全军都被围在安庆城内。
当时湖北防务，甚为空虚，武昌只有巡抚的直属部队，所谓“抚标”二千余人。所以听说黄州失守，在前线的胡林翼，大为震动，调兵回救，则陈玉成已经远去，安徽巡抚李续宜的部队，和彭玉麟的水师，一路追击，颇有所获。于是湖北解严而安庆的大战爆发了。
安庆是于上年六月间起被围，城内的太平军只有一万多人。曾国荃在城外构筑长壕，扎营三处：集贤关、盐河及城东北的菱湖，互为犄角，并有杨岳斌的水师支援，阵势相当巩固。外围则有多隆阿的马队作接应，多隆阿原属科尔沁亲王僧格林沁部下，与鲍超一在皖北，一在皖南，为曾国藩麾下最重要的两支部队。
由于“天京”定策，有五路援安庆的计划，所以此一地区由秋徂冬，由冬至春，战况沉寂。城虽被围，粮食弹药无缺，多由英国商船自上海经长江运来接济。这样“相安无事”的局面，至此打破，陈玉成未到之前，就檄调留守天长、六合的太平军，西来助战，一方面由菱湖通城内的水路增援城防，一方面在菱湖北岸建营垒１３座，预备里外夹击攻曾国荃。
曾国荃当然亦有相应的措施，第一步是加强控制菱湖，通知杨战福开来二十几只炮船，由长江抬上岸，再自菱湖东岸入水、巡弋湖面。第二步是向曾国藩求援，其时曾国藩由于左宗棠乐平大捷，皖南局势安定了下来，已接到陈玉成回扑安庆的消息，移驻安庆附近的东流，派鲍超一军赴援，同时胡林翼亦派副将成大吉一军助战。当然，多隆阿亦早由桐城回师，配合作战，李绩宜以安徽巡抚的身分，守土有责，带军会战，更不在话下。
清军一增援，太平军亦不能不再添兵力，五路援安庆的计划，既已失败，则安庆一地直接成为双方短兵相接，势在必争的焦点，所以太平军方面，凡能动用的兵力，无不投入，由洪仁?亲自渡江到前线指挥。安庆北面的战场重重包围，陈玉成包围曾国荃，扎营在高路浦的多隆阿包围陈玉成；而新赶到的洪仁?则屯兵在新安渡至练潭一带，又包围了多隆阿。
双方接战，由菱湖水面开始，互有胜负。但岸上的仗，清军打得很好，多隆阿一胜于练潭、再胜于新安渡。而陈玉成想攻破曾国荃，则以凭壕固守，太平军劳而无功。
于是太平军重行部署，以挂车河为中心，分左、右、中三路，共３万人发动总攻击，多隆阿首当其冲，分五路迎敌。
由于陈玉成“后期”，以致三路皆北。这是四月中旬的事，不久，陈玉成先锋，安徽桐城人的程学启，率领部下千余人，在集贤关投降湘军。程学启是太平军的名将，后来为李鸿章所用，深为得力。
到了五月初一，鲍超与成大吉合力攻赤岗岭的太平军，其地在集贤关，共有四垒，鲍超第一天攻破了三垒，守将三人均阵亡。第二天攻残余的一垒，这垒的守将，是陈玉成最得力的部下刘玱琳。因为势孤力弱，弃垒而走，结果为鲍超部下阵斩。曾国藩一次给朋友写信，曾称刘玱琳为“玱琳先生”，不知盗亦有道，值得如此尊称，还是戏谑之词？
这一仗下来，曾国荃一军转危为安。太平军则另调杨辅清一军，与陈玉成在皖北会合，预备再举。但菱湖南北岸的太平军八千人，却又投降了。
在传说中，这八千人的下场极惨。据说，当太平军派人接洽投降时，曾国荃下令，须先缴械。太平军遵令而行，结果曾国荃命他部属中，唯一非湖南人的朱洪章，尽屠此八千人，靡有孑遗。正史中有关安庆之役的记载，及曾氏兄弟与朱洪章的纪传，都不曾提到有这八千人投降的事，自然更谈不到“尽屠”之说。杀降不祥，而况菱湖东岸为曾家的老幺贞干所防守，程学启的投降，就是曾贞干的设计，同为降军，待遇大不相同，似乎是一大矛盾，但研究太平天国史者，多主此说。看来是一重难明的疑案了。
不过到了六月初一，菱湖西岸太平军的营垒，尽为曾国荃所破，则是记此战役必须大书一笔的，因为从此安庆城外已无太平军，而真正的围城开始了。
适逢其会的是，恭亲王所主持，新成立的“总理各国事务衙门”，在外交上相当活跃，与英国公使达成了一项协议：“禁止洋船济匪”，同时严令“禁止汉奸附载长江英法轮船，贪利济匪”。总理衙门并以同样内容的照会，分致法国和俄国公使。英国海军并派兵舰，巡弋长江作有效封锁。于是安庆城内，大起恐慌，守军乏食，纷纷出降。城内百姓到后来甚至吃人肉以求生。
外围的太平军，当然也要作最后的挣扎，杨辅清会合陈玉成由无为州绕道桐城以北，攻怀宁以西的太湖，同时一路抢割已熟的稻子。这一带属于多隆阿的防区，双方兵力为十比一，但多军士气正旺，迎面痛剿，斩获甚多，太平军桐城西南二面的七座营垒，为多军攻破。但多隆阿甚为机警，防备太平军夜袭，每每扎营以后，又复他去，敌人常常扑空，反为多隆阿所伏击，死伤甚众。
到了七月下半月，太平军集合余部，获得四五万人，重新进入集贤关，筑新垒四十余座，预备固守。集贤关是桐城与安庆之间的一处要隘——安庆府北３０里，有座大龙山，稍东相接的另一高峰，名为小龙山。两山盘亘，下瞰长江，南面两山相夹之处，名为门山，形容其为两山之门，再向南有白麟、火炉诸峰，山脉潜而复现，耸起如脊，所以名叫脊现岭。集贤就是脊现二字，以讹传讹的谐音。集贤关就在脊现岭上，离安庆府１５里，安庆的北门，即以集贤关得名，叫做集贤门。
从以上介绍的形势，可知集贤关易守难攻，但为解安庆之围，实亦不容此处的太平军，固守自保，所以从七月二十起，这四五万太平军，分１０余路猛扑曾国荃所部的长壕。城内太平军亦在四门列队，准备接应，这样到了七月廿八，始终无功。
其时城内外两处太平军，一线交通，就靠菱湖通安庆水门的河道，城外太平军以小艇偷运粮食接济城内，城内则以因为欠缺火药而废置无用的枪炮，接济城外太平军。不幸在七月廿九日，双方的接济，都为在菱湖巡弋的清军水师所截获。
在同一天，朱洪章击退了集贤关向菱湖进攻的太平军，这是安庆之战的最后一仗。从此，不但城内守军已断指望，集贤关上的援军亦放弃了救安庆之想，退出集贤关外，退桐城、退石牌、退太湖、退宿松，有的回天京、有的到皖南。
七月三十，城内守军逃的逃，降的降，残余少数，与曾国荃取得联络，以放一条生路为条件而献城，于是八月一日卯刻，湘军入城，百战艰难，终于克复了安庆。
安庆之克，是平洪杨战史上的一件大事，亦是曾国藩“以静制动”战略成功的一大效验。双方的重视安庆，可由曾国藩的函札中见其大概，咸丰十一年四月初四日致其长子纪泽的家书中说：此次贼救安庆，取势乃在千里以外，如湖北则破黄州、破德安、破孝感、破随州、云梦、黄梅、蕲州等属。江西则破吉安、破瑞州、吉水、新淦、永丰等属，皆所以分兵力，亟肆以疲我，多方以误我。贼之善于用兵，似较昔年更狡更悍。
吾但求力破安庆一关，此外皆不遽与之争得失。转旋之机，只在一二月可决耳。
在这封信的十天以前，祁门解围，而陈玉成回军皖北，曾国藩急遣鲍超赴援时，曾有信致其四弟曾国潢，得失萦怀，忧思忡忡，溢于言表：“忽闻四眼狗逼集贤关外，九弟季弟又十分紧急，不得已抽朱云严五百人，赴安庆助守于壕内，及调鲍春霆带八千人赴安庆助攻于关外。此次安庆之得失，关系吾家之气运，即关系天下之安危，不知沅、季能坚守半月，以待援兵否？若安庆能转危为安，则事尚可为耳。”
在此时，曾国藩的全部希望，寄托在鲍超身上，他确信，只要鲍超能够赶到，战局即可稳定。但其时风雨大作，道路泥泞，即令鲍超能冒雨行军，辎重用羊角车装载，则无法求速，所以曾国藩所忧虑的是，鲍超未到之前，曾国荃的长壕可能已先为陈玉成所攻破。结果鲍超不负所望，大败陈玉成于集贤关，所以论克安庆之功，关键系在鲍超身上。
安庆既克，曾国藩当日便在对岸的东流接到了捷报，即时有信覆曾国荃说：接喜信，知本日卯刻克复安庆。是时恰值“日月合璧，五星联珠”，钦天监于五月具奏，似为非常祥瑞。今皖城按时应验，国家中兴，庶有冀乎？
安庆克复，竟被视作非常祥瑞，可知关系之重。但文宗却已不见此中兴征兆，于半个月前的七月十六，崩于热河。如果安庆早克复一个月，病中得此喜信，文宗或许竟能延年，则辛酉政变，可能无由而作，历史便又是另一样写法了。
安庆之克，是清廷的喜事，但浙江，特别是杭州却大倒其楣。从洪杨金田起事以后，失守的名城，不知其数，唯有杭州的遭遇最惨，为百年未有的浩劫。
何以安庆克复，浙江会倒楣呢？这道理说起来很简单，太平军百万之众，皖北不能立足，皖南又有左宗棠的严密防范，自然得要找一条出路，而浙江是唯一的可以“就食”之区。
当时太平军内部，在战略上亦有两派不同的主张，一派以洪仁?为首，认为自古取江山先西北而后东南，由上而下，其势顺而易，由下而上，其势逆而难。所以仍主张反攻皖北，谋取长江以北，黄河以南的中原。另一派则是李秀成、李世贤兄弟的打算，就双方形势着眼，以为皖北以上，及江西、皖南等地，“敌无可败之势，譬如食果，尚未合时，其味必苦”，这就是说，浙江是一树熟得将烂的果子，振力一撼，俯拾可得。
当然，此时太平军只剩下李家兄弟的兵马，可称劲旅，发言的分量，非洪仁?可比。事实上，“天京”对在外的战将，亦已失去控制。于是李氏兄弟的六七十万人，由常山、开化入浙江，行军如蚂蚁搬家，首尾不绝，历时十余日之久，浙东的守将，闭城自保，不闻不问。加以鲍超在后路追击，更如驱虎入羊群，鲍超由江西抚州，追到边界，收复铅山，亦解了广信之围，便收兵回皖北休息，因为再过去是浙江地界，与己无关。
在鲍超之后还有一队官兵，就是李元度的安越军，兵到衢州，入了浙江地界，大概耳闻目击，无一处不是乱糟糟的景象，觉得犯不着淌浑水、打烂仗，因而屯兵衢州，观望不前，以后敌兵阻隔，更到了杭州，尽管王有龄跟杭州城内的官民，如大旱之望云霓，安越军却始终只在人家的后门口徘徊。
李秀成于九月初二进围浙东的重镇衢州，守将总兵李定太，深沟高垒，务求自保，于是李秀成舍衢州而去，在严州与李世贤会师，商定了进取杭州的计划，分南北两路，李秀成由北路直指杭州，李世贤任南路，继续攻严州。这是九月初十的事，７天以后，严州守将张玉良弃城而走，李世贤连占遂昌、松阳，势如破竹。
大概在九月中旬，上而金、衢、严三府，下而杭、嘉、湖三府，尽是太平军的天下，所余者，杭州、湖州两孤城，以及宁波、绍兴两府。其时宁、绍为浙江全省的饷源，此两府不失，王有龄犹可紧守待援，不幸地，太平军毕竟渡过钱塘江，攻向南岸了。
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当此时也，正为曾氏兄弟扬眉吐气，弹冠相庆之时，曾国藩赏加太子少保衔，曾国荃本是道员，赏加布政使衔以按察使记名，遇缺题奏；曾贞干的本职是训导，一县的学官，奉旨免选本班，以同知或直隶州知州，尽先选用；战死三河的曾家老六曾国华，阵亡时的官职是同知，小官本不予谥，因为“一门忠义、深堪嘉尚”，特旨赐谥“愍烈”；此外湘军将领，除却李元度以外，几乎无不升官，曾国藩移驻安庆，日日开单办保案，忙得不可开交。
对于军务政事，曾国藩当然亦有一番筹划。湘军的士气可用，纪律亦胜于原有的绿营，以及其他各省自招的勇丁，但有个先决条件，就是按月发饷。“皇帝不差饿兵”；就肯奉差遣，也一定是克敌不足、扰民有余。曾国藩是上马治军、下马治民的两江总督，不比专领一军的将官，只管打仗，粮饷可以跟朝廷、跟地方去要，在他的职责来说，吃了败仗，可以指名参劾失机之将，如果粮饷不能按时支应，就是自己的责任。因此，他不仅以克复城池为已足；还要维持安定，振兴市面，道路畅通，商旅不绝，方能使唯一粮饷所出的“厘金”，源源不绝。
就为了这个缘故，王有龄奏请以太常寺正卿左宗棠督办全浙军务，浙江全省提镇以下，统归节制。他在奏折中对“左京堂”推崇备至，说他“体用普优，才识洞达，韬略素裕，纪律严明，所部尽皆劲旅”。在左宗棠本人，一向耻于屈居人下，如果“督办全浙军务，浙江全省提镇以下，统归节制”，便一定是督抚、将军都不能不尊敬的“钦差大臣”，而且方面之寄，遇事独断独行，可以发抒抱负，亦强似为曾国藩“帮办军务”，所以颇有跃跃欲试之意。
无奈曾国藩不放他走，因为皖南一地刚刚稳定，而江西则大致已经肃清，非左宗棠着意整顿，不能确保饷源。
几经筹划，决定先调蒋益沣一军到皖南。蒋益沣字芗泉，也属于湘军系统，此时正在广西作战，此人湖南安福，少小为乡里无赖，他的部下军纪不好，但能打仗。曾国藩认为左宗棠有驾驭蒋益沣这种悍将的能力，所以已奏调，等他到达，接替一部分防务，再让左宗棠分兵援浙。
至于规复苏常，朝命一再催促，曾国藩亦耿耿于怀，但苦于无法抽调兵力。而在上海的江苏巡抚薛焕，及避难在上海租界上的江苏士绅，则亦如王有龄一样，苦苦乞援于安庆大营。但曾国藩始终表示心有余而力不足，虽受无以为助。
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